根据工作需要，中心下设综合室、合作室、研究室，职责分工如下：

综合室：

推进基础教育机构党的建设，落实做好党组织领导的校长负责制；落实北京市教委和大学关于基础教育的部署要求，及时处理市、区教委及大学相关的工作部署、跟进和督办；统筹学校事权内基础教育机构的人员编制、经费预算、人事制度改革等工作。做好新闻宣传工作，做好中心内部制度建设和公文事项督办等。

合作室：

组织开展京内外交流合作，拓展支撑学校事业发展的基础教育资源；统筹校内资源投放京内外优质合作学校；拓展基础教育相关会议、比赛、活动等对外工作事宜。做好教师培训项目、教师学历提升教育；发掘校内外资源，拓展京内外教师培训项目内容，供给京内外教师发展需要等工作。

研究室：

开展基础教育有关政策研究，统筹指导各附属校制定教育教学政策；统筹各附属校科研工作，协同各附属校开展各级科研课题申报、指导、追踪、评价等。对接相关学院相关专业开展学科研究。